Theo sử sách, chùa Vạn Niên khởi dựng vào năm Thuận Thiên thứ 2 triều Lý (1011), tức chỉ đúng một năm sau khi vua Lý Thái Tổ dời đô từ Hoa Lư ra Thăng Long. Xưa chùa Vạn Niên từng có tên là Vạn Tuế, thuộc địa phận ấp Quán La, nay thuộc thôn Vệ Hồ, phường Xuân La, quận Tây Hồ, Hà Nội. Sách “Thăng Long cổ tích khảo” có chép rằng: “...Lý Thuận Thiên năm thứ 5 (1014), Hữu Nhai tăng thống xin tâu lập giới đàn tại đây, thụ giới cho các tăng đồ. Vua xuống chiếu ban cho”. Điều đó cho thấy, chùa Vạn Niên có thể đã được xây dựng từ trước thời nhà Lý, bởi ngay từ thời Lý chùa đã trở thành chốn tới lui tu hành của nhiều bậc cao tăng.

Chùa gồm năm gian bái đường và ba gian bảo điện nối nhau thành hình chữ “đinh”. Về lối bài trí, chùa cũng giống như nhiều ngôi chùa khác ở miền Bắc. Trên cao có Tam Thế Phật, dưới là A Di Đà Phật, dưới nữa là Quan Âm, phía ngoài là Thích ca Sơ sinh. Đặc biệt, hiện nay trên nóc chùa vẫn còn ba chữ triện đắp nổi “Vạn Niên tự”, ý muốn chùa trường tồn mãi cùng với thời gian.
 

Suốt gần nghìn năm lịch sử, qua bao thăng trầm thay đổi, ngôi chùa đã được trùng tu nhiều lần. Tuy nhiên, đến nay, chùa vẫn còn lưu giữ được nhiều nét kiến trúc và hiện vật có giá trị lịch sử, nghệ thuật cao. Ví dụ như những bức tường cổ của gian chính được xây bằng loại gạch vồ tiêu biểu của thời Lý. Ngoài ra, chùa còn có bộ tượng tròn gồm 46 pho, trong đó có 26 pho tượng Phật, 20 pho tượng Mẫu, tượng Tổ; hai quả chuông đồng niên đại thời Nguyễn, 11 đạo sắc phong thần và nhiều đồ thờ khác. Đáng chú ý là trên quả chuông đồng của chùa được đúc vào đời Gia Long (trị vì 1802-1820) có bài ký cho biết chùa Vạn Niên là một di tích cổ có quy mô bề thế, một danh lam cổ tích lớn ở phía Tây kinh đô Thăng Long.

Chùa tuy không lớn nhưng do nằm ở gần hồ Tây nên cảnh quan thoáng đãng, trong lành. Khác với các ngôi chùa khác ở đất Bắc, chùa Vạn Niên thường là nơi để người ta đến cầu bình an, sức khỏe và hạnh phúc cho gia đình, họ tộc chứ không phải là nơi để cầu tài cầu lộc. Chính vì vậy, ngày thường, chùa thường vắng lặng, chỉ những ngày rằm và vào dịp lễ Tết, chùa mới có đông du khách thập phương đến viếng cảnh chùa và lễ Phật. Có lẽ nhờ đó mà chùa luôn có không khí thanh tịnh, yên ắng, rất hợp với khung cảnh của chốn thiền môn.

Với những giá trị lịch sử và văn hóa độc đáo như trên, năm 1996, chùa đã được Bộ Văn hóa – Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao & Du lịch) xếp hạng Di tích Lịch sử Văn hóa cấp Quốc gia.

Hiện ngôi chùa vẫn luôn được chính quyền và nhân dân quận Tây Hồ gìn giữ, tu bổ, tôn tạo để ngày một khang trang hơn nhằm giữ được nét đẹp truyền thống và cổ kính cho không gian văn hóa của Thủ đô Hà Nội.

Nhà sư Thích Minh Tuệ, trụ trì chùa Vạn Niên cho biết, là một người xuất gia nên ông mong muốn làm được thật nhiều việc có ích cho xã hội, và mong sao ngôi chùa cổ này sẽ mãi được trường tồn đúng như tên gọi “Vạn Niên”./.