Ai Cập là đối tác thương mại lớn thứ hai của Việt Nam tại Châu Phi. Kim ngạch thương mại song phương năm 2016 đạt 316 triệu USD, trong đó các mặt hàng xuất khẩu chính của Việt Nam là hải sản, linh kiện phụ tùng ô tô, vải sợi, hạttiêu đen, cà phê, cao su và hàng tiêu dùng khác. 

Các mặt hàng nhập khẩu chính từ Ai Cập là hóa chất, sản phẩm từ dầu mỏ, sữa và các sản phẩm từ sữa, sợi các loại và hàng tiêu dùng khác... Hiện Ai Cập có hai dự án đầu tư tại Tây Ninh và Khánh Hòa với giá trị 750.000 USD. Hàng năm, Chính phủ Ai Cập cấp cho Việt Nam 12 học bổng đào tạo sinh viên tiếng Arab.